Foire aux Questions

La Time Series fonctionnalité déplacée dans DNS v6. On le retrouve désormais sous le Paramètres globaux bouton dans le configuration languette (voir l'image ci-dessous). 

Exporter dorique fichiers comme . Csv, vous devez utiliser le Éditeur de fichiers doriques module (voir image ci-dessous). En bref, en chargeant tous les fichiers de données doriques dans le module, vous pouvez cliquer sur « Exporter tout » pour les enregistrer sous forme de fichiers CSV.  

Notes: si vous utilisez Matlab, Python ou Octave, vous pouvez lire directement .commec fichiers avec code à condition de ici. Avec une petite modification de votre pipeline d'analyse de données (quelques lignes de code au maximum), vous pouvez même remplacer le fichier .csv par .commec fichier. L'avantage de la .commec fichier (basé sur HBF5) is qu'il enregistre à la fois les données brutes et les paramètres d'enregistrement (utile pour le dépannage et/ou la reproductibilité). Nous ve déplacé vers ce format de fichier dans la version 6 car il peut gérer les métadonnées (vidéos de comportement, images, signal, TTL, etc.) et stocker très grande données de manière efficace.  

Vous en avez quelques différents Options pour analyser les données dans le .dorique Format: 

Noter la Onglet Support technique de notre site Web maintenant contient de nombreuses tutoriel danse™ vidéos  qui peut vous donner une idée de ce que le logiciel peut faire. Actuellement, seul le contenu lié à la photométrie a été créé sous forme de didacticiel, mais nous ajoutons régulièrement à cette vidéothèque des vidéos de didacticiel sur le comportement et la microscopie.s à venir. Si cela vous intéresse option, contactez-nous au sales@doricenses.com pour un essai gratuit de 15 jours et/ou un devis. Nous proposons également des démonstrations virtuelles via zoom, y compris une visite guidée utilisant vos propres données avec nous pour voir comment vous pouvez utiliser au mieux le logiciel pour analyser vos expériences spécifiques. 

La Imode entrelacé autres deux excitations LEDs, comme présenté dans l’image ci-dessous. 

La Mode de verrouillage utilise des fréquences de référence sinusoïdales pour piloter 2 et plus encore Excitations LED à différentes fréquences (Voir l'image ci-dessous). alors a algorithme de démodulation séparés les signaux.  

Cette méthode a plusieurs avantages:

1. Les signaux démodulés sont invariants à la lumière ambiante et au bruit au-dessus/en dessous de la fréquence de référence
2. Have pas d'artefact marche/arrêt puisque les LED oscillent toujours entre Vmin et Vmax (et ne sont jamais complètement éteints). Le seul inconvénient du mode verrouillage est qu'il nécessite une fréquence d'échantillonnage élevée, ce qui n'est pas toujours possible, notamment lorsque l'on utilise des capteurs CMOS au lieu de photodétecteurs pour enregistrer les signaux photométriques.  

Pas de signal: (des creux et des bossesre presque identique entre trace expérimentale et trace isobestique) 

Signal faible (des bosses dans le signal fonctionnel do ne se produit pas dans la trace isobestique mais de faible amplitude) 

Signal fort (les bosses dans le signal fonctionnel ne se produisent pas dans le tracé isobestique) 

Il y a deux possibilités: soit les paramètres ne sont pas optimaux ou il y a un dysfonctionnement composant dans le système. 

Étant donné qu'environ 80 % du signal photométrique provient du volume de tissu situé at une profondeur de ~ 200 um de la facette de la fibre, la valeur approximative zone de champ de vision pour chaque diamètre de noyau est directement relié au diamètre du cordon de brassage. (Vous pouvez simplement calculer la surface de chaque cordon de brassage en utilisant le diamètre pour voir la différence de champ de vision.) Le NA du cordon de brassage modifiera la forme et la profondeur des collections de données. Vous pouvez en apprendre davantage sur l'effet du diamètre du noyau et de l'AN sur la collecte de données photométriques dans ce document. papier. Notez que les gens utilisent des cordons de brassage de diamètres différents en fonction de la taille de leur région d'intérêt. Si votre région d'intérêt a a diamètre d'environ 200 um, utilisez le cordon de brassage 200 um. Si c'est plus grand, utilisez le 400µm core à la place. Vous obtiendrez 75 % de signal en plus en utilisant a 400µm puisque vous pouvez imager beaucoup plus de neurones avec ce cordon de brassage de plus grande surface. Pour la photométrie à fibre une NA plus grande est recommandée pour collecter plus de signal ; Alors que iIl est vrai qu'une NA plus faible augmentera la profondeur de pénétration, lorsque nous recommandons une fibre à NA élevée, nous supposons que la canule est placée à proximité (moins de quelques µm) à la zone de détection. Ensuite, puisque la position peut être manuellement optimisé, nous recommandons l'optimisation la collection de fluorescence avec une fibre à haute NA.  

Minicubes avec LED intégrées réduire le nombre de connexions optiques et l'encombrement global du système, ce qui simplifie globalement le système. Elle offre cependant moins de flexibilité à l’utilisateur en termes de sources lumineuses à utiliser. D'autre part, nsur-intégré minicubes représentent plus grand nombre de composants et d'espace, mais la modularité augmente la flexibilité Afin que tu puisses utiliser différentes LED / lasers et/ou fluorophores dans le futur que par réplacingurgiter quelques composants conditions au lieu d'acheter un tout nouveau système. 

REMARQUE: il n'y a pas prix différence jusqu'à XNUMX fois an mini-cube intégré et mini cube non intégré avec LED et câbles acheté séparément. 

WNous recommandons généralement d'utiliser le Mode CC. Quand à Mode CC, le signal de la photodiode est directement transmis à l'amplificateur sans altération. La plage de sortie au niveau du connecteur BNC est de 0 V à 5 V. Ce mode est recommandé pour les expériences de photométrie et doit être utilisé par défaut, sauf indication contraire. En mode AC, le signal de la photodiode passe à travers un filtre passe-haut de 30 Hz avant d'être envoyé à l'amplificateur. Toutes variations inférieures à 30 oscillations par seconde ainsi que la valeur moyenne du signal sont supprimées. La plage de sortie au niveau du connecteur BNC est de -5 V à 5 V. Ce mode offre une plage dynamique deux fois supérieure mais peut masquer un état de saturation du préamplificateur et doit être utilisé avec précaution. 

Le commutateur de gain sélectionne entre trois ou deux (selon les générations de mini-cubes) niveau de sortie pour la même lumière de fluorescence d’entrée. Le gain 1x transmet le signal du préamplificateur directement au BNC tandis que les 10x et 100x ajoutent 2 autres niveaux d'amplification. Gagner sélection ne doit être effectué que pour un réglage très grossier du signal. Le gain doit être diminué si l'amplificateur est saturé (à la ligne autour de 5 V) et augmenté s'il est inférieur à 0.5 V. Il est assez courant que le Amplification 10X est utilisé pour les expériences de photométrie, mais cela dépendra également de votre signal. 

Le pilote du microscope doit être connecté à un port Ethernet de l'ordinateur. Si un adaptateur USB vers Ethernet est utilisé pour une autre fonction, telle que l'accès à Internet, l'adaptateur doit être désactivé lors de la première initialisation du microscope. 

- Assurez-vous que les pinces du microscope sont suffisamment desserré (visser le canon). 

- Assurez-vous que la canule et le corps du microscope sont correctement alignés. 

- Vérifiez l'installation de la canule Des instructions . Quelques conseils sont disponibles dans ce note d'application. Vous pouvez également jeter un oeil à ceci vidéo d'instructions sur le microscope unicolore or this vidéo pour microscope bicolore.

Dans la dernière version de Doric Neuroscience Studio v5, un nouveau format de fichier, .dorique format, a été introduit, et ce format est le seul format à être enregistré dans les dernières versions v6. Les données sont exclusivement enregistrées en HDF5 fichiers .doric format d'extension (les formats .csv et .tiff à partir de la version 5 ne sont pas est plus disponible). Les fichiers HDF 5 peuvent être lus avec Matlab, Octave et Python. Des exemples de code sont fournis pour faciliter analyse des données avec ces applications externes. 

L'utilisation de .doric format de fichier par rapport aux autres formats fournit plusieurs avantages : 

 Une remarque importante est que les configurations de canaux enregistrées à partir de la version 5 ne sont plus compatibles avec la version 6.

Pour l'optogénétique, cela dépend du cas d'utilisation : (1) voulez-vous que la lumière atteigne une zone aussi grande que possible ? (ie pour une manipulation importante et donc le plus grand changement de comportement affectant) ou (2) la précision de la lumière dans une petite zone est requise (pour éviter de stimuler les zones voisines afin d'éviter toute confusion). Alors que a une NA inférieure augmentera la profondeur de pénétration. 

Le choix de la fibre optique NA sera également une influence utilisée pour effectuer la stimulation lumineuse. Lors de l'utilisation d'une source de lumière à diode laser, des cordons de brassage NA 0.22 sont couramment utilisés, le NA du laser étant environ de 0.15. 

Les caméras N&B de Doric sont compatibles avec les régions de lumière visible et proche infrarouge (pas de filtre IR). SVoir la sensibilité spectrale ci-dessous. Vous pouvez vérifier ha dit que pour des informations plus détaillées sur la caméra comportementale que nous proposons. 

Vérifiez que l'alimentation câblee du joint tournant n'est PAS branché sur le port USB d'un ordinateur, mais sur le fourni source de courant. Le port USB ne fonctionne pasmettre fin au minimum conditions courant à alimenter adéquatement les moteurs du joint tournant.  

Si cela ne résout pas le problème, contactez Support dorique (support@doriclenses.com).