Les mesures de photométrie à fibre à double bande d'excitation utilisent un Mini Cube de fluorescence avec 4 ports, soit un port pour la lumière d'excitation de fluorescence fonctionnelle, un pour l'excitation isosbestique, un pour la détection de fluorescence et un pour l'échantillon. Le cube possède des miroirs dichroïques pour combiner des excitations isosbestiques et de fluorescence, séparer l'émission de fluorescence et des filtres passe-bande étroits limitant le spectre de fluorescence d'excitation. La lettre "E", dans ce cas-ci, représente l'excitation de fluorescence, "IE" l'excitation isosbestique, "F" la fluorescence et "S" le port d'échantillon sur le schéma du cube. La séparation des signaux de fluorescence fonctionnels et isosbestiques de GCaMP est possible avec des sources lumineuses modulées.

Par rapport aux Mini Cubes Fluorescence avec uniquement des connecteurs FC sur tous les ports, ceux avec photodétecteurs intégrés offrent un rapport signal/bruit 100 % meilleur (augmentation du signal de 30 % et réduction du bruit de 40 %). De plus, dans la dernière génération de Mini Cubes, des LED et des pilotes de LED sont également intégrés pour réduire le nombre de connexions et l'empreinte globale du système. Dans sa génération, il est également possible de remplacer le filtre d'excitation et de diminuer la puissance d'excitation en ajoutant des filtres atténuateurs (pour la photométrie à faible puissance).