Les systèmes de microscopie de surface monochrome sont conçus pour imager les couches cérébrales jusqu'à 150 µm de profondeur. Ne nécessitant pas d'implants (lentilles GRIN, par exemple), la microscopie de surface est moins invasive que la microscopie cérébrale profonde. L'utilisation de prismes en verre de 1.5 mm est également possible pour imager les structures cérébrales jusqu'à 1.5 mm de profondeur.

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