La Boîte de branchement est l'un des éléments clés du Système BFTO pour la caractéristique optogénétique ciblée. Chaque port du Branching Box correspond à une seule fibre au sein du faisceau. Ainsi, le Boîte de branchement organise les excitations optogénétiques indépendantes (provenant de plusieurs sources de lumière) vers les fibres propres au sein du faisceau, qui sont ensuite acheminées vers le port Opsin du BFTO.

La Boîte de branchement est disponible en trois configurations : 7, 9 et 19 fibres, correspondant à la configuration des canules haute densité 7, 9 et 19.