Logiciel d'analyse des données de photométrie des fibres
Accélérez votre photométrie et votre analyse comportementale des fibres optiques - SANS CODAGE !
danse™ est un logiciel d'analyse de données de photométrie par fibre optique permettant de traiter, d'analyser et de visualiser des données neuronales et comportementales. Il propose des flux de travail sans code pour le calcul de ΔF/F, la suppression des artefacts de mouvement, le filtrage du signal, la détection des pics, l'analyse péri-événementielle, la synchronisation comportementale et l'analyse de groupe. Les chercheurs peuvent importer des données de photométrie par fibre optique provenant de Doric et d'autres systèmes, aligner l'activité neuronale avec les événements comportementaux, créer des pipelines d'analyse réutilisables et traiter des données issues de plusieurs animaux.
Solutions tout-en-un :
Convertir en Doric le format
Importer les données comportementales
Créer des pipelines d'analyse
Mise en commun des données par conditions
chiffres d'exportation
danse™ propose un ensemble croissant d'outils et d'opérationsCes opérations incluent la photométrie par fibre optique, l'analyse comportementale, la conversion de données et des analyses avancées. Consultez les catégories ci-dessous pour un aperçu des opérations les plus populaires et de leurs tutoriels vidéo. De nouvelles opérations sont régulièrement ajoutées en fonction des demandes des utilisateurs.
Flux de travail d'analyse par photométrie des fibres
- Importez vos fichiers - Charger les données de photométrie de fibre optique provenant de systèmes Doric ou compatibles.
- Traiter le signal - Filtrer, lisser, interpoler, supprimer les artefacts, calculer ΔF/F et normaliser les signaux.
- Synchroniser le comportement - Importez des données comportementales, des données de suivi vidéo, des événements TTL ou des horodatages.
- Définir les événements comportementaux - Identifiez les événements tels que la réaction au stimulus, la distribution de récompenses, le gel, les entrées dans les zones, les interactions ou d'autres comportements.
- Analyser l'activité neuronale - Effectuer une analyse péri-événementielle, des statistiques de signal, une analyse spatiale et une détection de pics/pics.
- Analyse comparative entre les animaux - Enregistrements groupés selon les groupes et conditions expérimentales.
- Exporter les résultats - Exporter les chiffres et les données traitées pour publication ou analyse ultérieure.
Opérations de conversion
Quelles données de photométrie de fibres sont compatibles avec le logiciel danse™ ?
danse™ prend en charge les données de photométrie par fibre optique provenant de lentilles Doric et d'autres systèmes d'acquisition. Importez et convertissez les données provenant de Tucker-Davis Technologies (TDT), Neurophotometrics, RWD et de systèmes de photométrie à fibres personnalisés en utilisant les formats de fichiers CSV, XLSX et autres formats pris en charge.
Analyse des données de photométrie par fibre TDT
Analyse des données de photométrie par fibre TDT
Les histogrammes péri-événementiels (également appelés histogrammes temporels péri-stimulus ou PSTH) visualisent les variations de l'activité neuronale en réponse à l'apparition (ou à la disparition) d'un stimulus ou d'un comportement d'intérêt (c.-à-d. un événement). Ce graphique est calculé en alignant et en moyennant les ΔF/F0 centrés autour de cet événement. On obtient ainsi un histogramme qui représente la réponse neuronale moyenne au cours du temps.
Les statistiques associées à la trace PeriEvents sont également calculées, notamment l'aire sous la courbe (AUC), le maximum, le minimum, etc.
Tracez un graphique thermique des événements péri-événementiels. Pour les événements péri-événementiels d'un animal, chaque ligne correspond à un événement (essai/combat), tandis que pour les événements péri-événementiels d'analyse de groupe, chaque ligne correspond à la trace moyenne d'un animal.
Analyse des données neurophotométriques
Analyse des données neurophotométriques
Les histogrammes péri-événementiels (également appelés histogrammes temporels péri-stimulus ou PSTH) visualisent les variations de l'activité neuronale en réponse à l'apparition (ou à la disparition) d'un stimulus ou d'un comportement d'intérêt (c.-à-d. un événement). Ce graphique est calculé en alignant et en moyennant les ΔF/F0 centrés autour de cet événement. On obtient ainsi un histogramme qui représente la réponse neuronale moyenne au cours du temps.
Les statistiques associées à la trace PeriEvents sont également calculées, notamment l'aire sous la courbe (AUC), le maximum, le minimum, etc.
Tracez un graphique thermique des événements péri-événementiels. Pour les événements péri-événementiels d'un animal, chaque ligne correspond à un événement (essai/combat), tandis que pour les événements péri-événementiels d'analyse de groupe, chaque ligne correspond à la trace moyenne d'un animal.
Analyse des données de photométrie des fibres RWD
Analyse des données de photométrie des fibres RWD
L'opération « Statistique du signal » examine les variations de l'activité neuronale sur toute la durée d'un événement (et non seulement au début et à la fin de l'événement). Cette opération est idéale pour les comportements de durée variable (immobilisation, entrée dans une zone, interactions animales, etc.).
Calculez les statistiques suivantes :
- z-ΔF/F0 : AUC, moyenne, médiane, max, min
- Pics : amplitude, fréquence de décharge, nombre de pics
Données de photométrie de fibre personnalisées (csv/xlsx)
Données de photométrie de fibre personnalisées (csv/xlsx)
danse™ permet une exportation facile des données, soit sous forme de figures (.pdf, .png, .jpeg) soit sous forme de fichiers .csv.
Créer un projet expérimental
danse™ fournit un cadre simple pour organiser Sauvegardez toutes vos données de photométrie par fibre optique et de comportement. Conservez toutes les métadonnées relatives à chaque enregistrement (identifiant de l'animal, sexe, génotype, lot, etc.) et au protocole expérimental (groupe, traitement, essai, tâche, etc.).
À partir du projet Expérimentation, vous pouvez :
- Construire un pipeline - Exécutez plusieurs opérations sur tous vos fichiers de données
- Données comportementales liées - Importer les données CSV ou vidéo appropriées dans le fichier de photométrie de fibre approprié
- Analyse de groupe - Regroupez les données conformément à votre plan expérimental
Opération de fractionnement de fichier
Danse™ part du principe que chaque fichier de données du projet est associé à un seul animal. Or, il arrive souvent que les données de plusieurs animaux soient enregistrées simultanément dans un même fichier. Il est donc important, avant de créer le projet d'expérience, de bien segmenter le fichier en conséquence.
Créer un pipeline
Chaîner plusieurs opérations Assemblez-les et exécutez-les sur TOUS vos fichiers de données animales.
Tester les paramètres sur chaque animal et prévisualiser les données de sortie.
Opérations de photométrie par fibre optique
Au cours d'une une douzaine d'opérations de photométrie de fibres sont disponibles et peut être sélectionné pour le traitement par lots, notamment la suppression des artefacts, la suppression de la ligne de base, le filtrage, l'interpolation, le rééchantillonnage, le lissage des signaux, Il existe plusieurs façons différentes de calculer ∆F/F, identifier les pics, normaliser et bien plus encore... Voici quelques points forts et leurs tutoriels vidéo :
Ce opération en plusieurs étapes comprend la suppression de la ligne de base, le lissage du signal, la soustraction de la trace isobestique pour supprimer les artefacts de mouvement et la normalisation facultative.
Détecte les pics dans votre signal de photométrie par fibre optique. Nouvelle fonctionnalité (non visible dans la vidéo) : plusieurs itérations permettent de détecter les pics plus faibles et de lisser les données afin de réduire les faux positifs.
Supprimer les artefacts
Cette opération génère des horodatages des comportements ou des stimuli survenus pendant l'enregistrement de la photométrie par fibre optique, et sont appelés Événements en danse. Ces horodatages peuvent correspondre uniquement à la montée (début), à la descente (fin) ou à la durée (début et fin).
Les événements de comportement peuvent être créés à partir de .csv importé données, points temporels saisis manuellement, à partir d'enregistrements numérique (TTL) ou analogique signaux, ou à partir de mesures créées dans danse™ (vitesse, score de mouvement, présence dans la zone, distance par rapport au point, etc.).
Les événements comportementaux sont importants pour le fonctionnement combiner les données neuronales et comportementales. et sont des entrées requises pour les graphiques PeriEvent et Signal Statistics.
- Superposition sur les données de photométrie de fibre
- Entrée pour les opérations d'analyse
Supprimer la ligne de base
Opération de suivi des animaux
Danse™ propose plusieurs opérations pour calculer les coordonnées des animaux, notamment : Suivi des animaux et Estimation de la pose Le suivi des animaux utilise une approche de seuillage simple pour détecter l'animal sur l'arrière-plan, nécessitant un contraste élevé entre les deux (par exemple, un animal sombre sur un fond clair, ou vice versa).
Cet algorithme calculera ensuite le point central de l'animal pour chaque image. Pour des coordonnées plus complexes (comme le nez, la queue, etc.), voir Estimation de la pose opération à la place.
De nombreuses opérations comportementales (calcul de la vitesse, de la présence dans la zone ou de la distance par rapport au point) nécessitaient les coordonnées de l'animal comme entrée.
- Prérequis : Vidéo sur le comportement
- Entrée pour les opérations d'analyse et de comportement
Estimation de la pose
Danse™ propose plusieurs opérations pour calculer les coordonnées des animaux, notamment : Suivi des animaux et Estimation de la pose fonctionnement sans maintenance
L'opération d'estimation de pose identifie des coordonnées animales plus complexes, au-delà du point central du corps (issu de l'opération de suivi animal), telles que le nez, la queue, les pattes, etc. Elle est beaucoup plus robuste aux variations d'éclairage et aux ombres dans la cage. Cependant, cette opération est en réalité DeepLabCut L'intégration nécessite un bon GPU et des bibliothèques spécifiques pour l'installation du GPU.
L'intégration de la bibliothèque open source danse™ vise à supprimer les difficultés d'installation, de formation et à faciliter l'exécution et l'optimisation de l'algorithme.
- Prérequis : Vidéo sur le comportement
- Entrée pour les opérations d'analyse et de comportement
Calculer la vitesse
La vitesse est une mesure comportementale utile car la photométrie par fibres peut capturer des changements neuronaux rapides qui correspondent à des changements de mouvement instantanés, tels que l'accélération, la décélération ou le blocage.
- Prérequis : Coordonnées animales
- Entrée pour créer une opération d'événement
Présence dans la zone
Définissez une zone d'intérêt et utilisez les coordonnées de l'animal pour calculer quand celui-ci se trouve à l'intérieur de cette zone.
- Prérequis : Coordonnées animales
- Entrée pour créer une opération d'événement
Opérations comportementales
Danse™ propose un grand nombre de opérations de comportement pour les caractères doriques et non doriques Vidéos comportementales et signaux numériques/analogiques.
Que ce soit par importation de vidéos ou par utilisation de la caméra comportementale Doric ou de CamLoop, Danse™ peut traiter directement le comportement animal au sein du logiciel. De nombreuses opérations comportementales (calcul de la vitesse, de la présence dans une zone ou de la distance par rapport à un point) nécessitent les coordonnées de l'animal en entrée.
Créer des événements
Cette opération génère des horodatages des comportements ou des stimuli survenus pendant l'enregistrement de la photométrie par fibre optique, et sont appelés Événements en danse. Ces horodatages peuvent correspondre uniquement à la montée (début), à la descente (fin) ou à la durée (début et fin).
Les événements de comportement peuvent être créés à partir de .csv importé données, points temporels saisis manuellement, à partir d'enregistrements numérique (TTL) ou analogique signaux, ou à partir de mesures créées dans danse™ (vitesse, score de mouvement, présence dans la zone, distance par rapport au point, etc.).
Les événements comportementaux sont importants pour le fonctionnement combiner les données neuronales et comportementales. et sont des entrées requises pour les graphiques PeriEvent et Signal Statistics.
- Superposition sur les données de photométrie de fibre
- Entrée pour les opérations d'analyse
Créer des périodes de temps
Divisez votre photométrie de fibre en segments distincts Périodes.
Périodes de temps manuelles:
Définir des fenêtres de longueurs variables où l'animal a rencontré ou expérimenté différents contextes (ligne de base vs manipulation, nouvelle cage, injection de drogue, etc.).
Périodes de temps automatique:
Divisez l'enregistrement entier en pair fenêtres temporelles (secondes, minutes, heures).
- Superposition sur les données de photométrie de fibre
- Entrée pour les opérations d'analyse
Opération de suivi des animaux
Danse™ propose plusieurs opérations pour calculer les coordonnées des animaux, notamment : Suivi des animaux et Estimation de la pose Le suivi des animaux utilise une approche de seuillage simple pour détecter l'animal sur l'arrière-plan, nécessitant un contraste élevé entre les deux (par exemple, un animal sombre sur un fond clair, ou vice versa).
Cet algorithme calculera ensuite le point central de l'animal pour chaque image. Pour des coordonnées plus complexes (comme le nez, la queue, etc.), voir Estimation de la pose opération à la place.
De nombreuses opérations comportementales (calcul de la vitesse, de la présence dans la zone ou de la distance par rapport au point) nécessitaient les coordonnées de l'animal comme entrée.
- Prérequis : Vidéo sur le comportement
- Entrée pour les opérations d'analyse et de comportement
Estimation de la pose
Danse™ propose plusieurs opérations pour calculer les coordonnées des animaux, notamment : Suivi des animaux et Estimation de la pose fonctionnement sans maintenance
L'opération d'estimation de pose identifie des coordonnées animales plus complexes, au-delà du point central du corps (issu de l'opération de suivi animal), telles que le nez, la queue, les pattes, etc. Elle est beaucoup plus robuste aux variations d'éclairage et aux ombres dans la cage. Cependant, cette opération est en réalité DeepLabCut L'intégration nécessite un bon GPU et des bibliothèques spécifiques pour l'installation du GPU.
L'intégration de la bibliothèque open source danse™ vise à supprimer les difficultés d'installation, de formation et à faciliter l'exécution et l'optimisation de l'algorithme.
- Prérequis : Vidéo sur le comportement
- Entrée pour les opérations d'analyse et de comportement
Calculer la vitesse
La vitesse est une mesure comportementale utile car la photométrie par fibres peut capturer des changements neuronaux rapides qui correspondent à des changements de mouvement instantanés, tels que l'accélération, la décélération ou le blocage.
- Prérequis : Coordonnées animales
- Entrée pour créer une opération d'événement
Présence dans la zone
Définissez une zone d'intérêt et utilisez les coordonnées de l'animal pour calculer quand celui-ci se trouve à l'intérieur de cette zone.
- Prérequis : Coordonnées animales
- Entrée pour créer une opération d'événement
Importer des données comportementales
Si vos données comportementales étaient pas enregistrée dans Logiciel Doric Neuroscience Studio, utilisez les opérations suivantes pour Importez les données comportementales dans votre fichier .doric/projet d'expérimentation existantCes opérations sont compatibles avec les systèmes d'enregistrement comportemental courants : Noldus, ANY-Maze, MedAssociate, DeepLabCut, etc., et dans différents formats (vidéo ou fichier CSV). synchronisation Des méthodes permettent de garantir une bonne concordance entre les données comportementales et neuronales. Contact Doric soutien pour en savoir plus.
REMARQUE : Pour ceux qui enregistrent le comportement avec Studio de neurosciences Doric, peut traiter directement le comportement dans danse™.
Opération d'analyse
Les opérations d'analyse constituent le principal atout du logiciel danse™, offrant un moyen simple de combiner le comportement et les neurones regrouper les données. Plus précisément, ces opérations offrent différentes manières de quantifier comment l'activité neuronale change autour des moments clés du comportement.
Opération Perievent
Histogrammes péri-événement (également appelés histogrammes temporels péri-stimulus ou PSTH) visualise les changements d'activité neuronale en réponse à l'apparition (ou décalage) d'un stimulus ou d'un comportement d'intérêt (c.-à-d. un événement). Ce graphique est calculé en alignant et en moyennant les ΔF/F0 centrés autour de ce point, ce qui donne la réponse neuronale moyenne au fil du temps.
Les statistiques associées à la trace PeriEvents sont également calculées, notamment l'aire sous la courbe (AUC), le maximum, le minimum, etc.
Opération de statistiques du signal
L'opération « Statistique du signal » examine les variations de l'activité neuronale sur toute la durée d'un événement (et non seulement au début et à la fin de l'événement). Cette opération est idéale pour les comportements de durée variable (immobilisation, entrée dans une zone, interactions animales, etc.).
Calculez les statistiques suivantes :
- z-ΔF/F0 : AUC, moyenne, médiane, maximum, minimum
- Pointes : amplitude, fréquence de décharge, nombre de potentiels d'action par aiguille : une mesure comportementale car la photométrie par fibre peut capturer des changements neuronaux rapides qui correspondent à des changements de mouvement instantanés, tels que l'accélération, la décélération ou le gel.
- Prérequis comportemental : Périodes ou événements
- Prérequis photométrique : dFF0 ou pointes
Fonctionnement des signaux spatiaux
L'opération de signal spatial combine données sur l'activité neuronale et le suivi des animauxen carte thermiqueLes axes x et y de la carte thermique correspondent à dimensions de la cage et la couleur est associée au signal ΔF/F0 moyen lorsque l'animal se trouvait à cet endroit.
Le fonctionnement du signal spatial est idéal pour des analyses telles que la préférence conditionnelle-spatiale, le labyrinthe en croix, l'objet nouveau, les interactions animales et les cellules de lieu de l'hippocampe, parmi beaucoup d'autres.
Visualisation de la carte thermique
Représentez l'événement sous forme de carte thermique, comme ceci :
- événements animaux uniques, chaque ligne correspond à un événement (essai/match), tandis que
- Périévénements d'analyse de groupe, chaque ligne correspond à la trace moyenne d'un animal.
Opérations d'exportation
Enregistrer les chiffres
Enregistrer les graphiques au format .pdf, .png, .jpeg
Exporter les données au format .csv
Utilisez ce texte pour partager des informations sur votre marque avec vos clients. Décrivez un produit, partagez des annonces ou accueillez des clients dans votre magasin.
