Solution d'analyse de données pour la photométrie par fibre optique
Accélérez vos analyses de photométrie et de comportement des fibres !
Solutions tout-en-un :
- Convertir en Dorique le format
- Importer les données comportementales
- Créer des pipelines d'analyse
- Mise en commun des données par conditions
- chiffres d'exportation
Accélérer l'analyse
Interface utilisateur conviviale
experte
Pas de codage !
danse™ est un puissant logiciel d'analyse de données conçu pour les neuroscientifiques utilisant la photométrie par fibres et les données comportementales.
Grâce à des flux de travail intuitifs, créer des pipelines qui automatisent de multiples opérations (suppression des artefacts, z-ΔF/F0, détection des pics, péri-événement, etc.) sans aucune programmation. Le logiciel permet également de : importe et aligne les données de comportement à partir de sources non doriques (vidéos, csv, DIO, etc.).
Au-delà des analyses d'enregistrements uniques, dansez™ facilement regroupe les données de plusieurs animaux selon votre plan expérimental et relancer facilement les analyses avec de nouveaux paramètres, ce qui permet de gagner du temps et d'accélérer les publications.
Opérations de traitement et d'analyse
danse™ propose un ensemble croissant d'outils et d'opérationsCes opérations incluent la photométrie par fibre optique, l'analyse comportementale, la conversion de données et des analyses avancées. Consultez les catégories ci-dessous pour un aperçu des opérations les plus populaires et de leurs tutoriels vidéo. De nouvelles opérations sont régulièrement ajoutées en fonction des demandes des utilisateurs.
Créer un projet expérimental
danse™ fournit un cadre simple pour organiser Sauvegardez toutes vos données de photométrie par fibre optique et de comportement. Conservez toutes les métadonnées relatives à chaque enregistrement (identifiant de l'animal, sexe, génotype, lot, etc.) et au protocole expérimental (groupe, traitement, essai, tâche, etc.).
À partir du projet Expérimentation, vous pouvez :
1. Construire un pipeline - Exécutez plusieurs opérations sur tous vos fichiers de données
2. Lier les données comportementales - Associer rapidement les données CSV ou vidéo appropriées au fichier de photométrie de fibre approprié
3. Analyse de groupe - Regroupez les données conformément à votre plan expérimental
Opérations de conversion
Quelles données de photométrie de fibres sont compatibles avec le logiciel danse™ ?
Beaucoup de différents Les types de données de photométrie sur fibre sont compatibles avec danse™, y compris Tucker Davis Technology (TDT), Neurophotometrics, RWD et tous les systèmes personnalisés utilisant les formats .csv/.xlsl.
Cependant, les données non-doriques doivent être converti en .doric le format.
Consultez les tutoriels vidéo suivants pour apprendre à convertir vos données :
Opérations de photométrie par fibre optique
Au cours d'une une douzaine d'opérations de photométrie de fibres sont disponibles et peut être sélectionné pour le traitement par lots, notamment la suppression des artefacts, la suppression de la ligne de base, le filtrage, l'interpolation, le rééchantillonnage, le lissage des signaux, Il existe plusieurs façons différentes de calculer ∆F/F, trouver des pics, la standardisation, et bien plus encore...
Voici quelques points forts et leurs tutoriels vidéo :
Opérations comportementales
Danse™ propose un grand nombre de opérations de comportement pour les caractères doriques et non doriques Vidéos comportementales et signaux numériques/analogiques. Pour ceux qui enregistrent des comportements avec Studio de neurosciences Doric, peut traiter directement le comportement dans danse™.
Importer des données comportementales
Si vos données comportementales étaient pas enregistrée dans Logiciel Doric Neuroscience Studio, utilisez les opérations suivantes pour Importez les données comportementales dans votre fichier .doric/projet d'expérimentation existantCes opérations sont compatibles avec les systèmes d'enregistrement comportemental courants : Noldus, ANY-Maze, MedAssociate, DeepLabCut, etc. et dans différents formats (vidéo ou fichier csv).
Plusieurs synchronisation Des méthodes existent pour garantir une bonne concordance entre les données comportementales et neuronales.
VIDÉOS TUTORIELLES :
Calculer les coordonnées des animaux
Que ce soit par importation de vidéos ou par utilisation de la caméra comportementale Doric ou de CamLoop, Danse™ peut traiter directement le comportement animal au sein du logiciel. De nombreuses opérations comportementales (calcul de la vitesse, de la présence dans une zone ou de la distance par rapport à un point) nécessitent les coordonnées de l'animal en entrée.
Danse™ propose plusieurs opérations pour calculer les coordonnées des animaux, notamment : Suivi des animaux et Estimation de la pose fonctionnement sans maintenance
Suivi des animaux
Estimation de la pose
Ensuite, les coordonnées animales peuvent être utilisées pour calculer les mesures suivantes.
Calculer la vitesse
Présence dans la zone
Distance du point
Chaque mesure (vitesse, etc.) peut être saisie dans la section Créer des événements de comportement.
Créer des événements de comportement
Cette opération génère des horodatages des comportements ou des stimuli survenus lors de l'enregistrement photométrique par fibre. Ces horodatages peuvent correspondre uniquement au début, au décalage ou aux paires début-décalage.
Ces horodatages sont appelés Événements en danse et sont importants pour le fonctionnement combinant les données neuronales et comportementales.
Les événements de comportement peuvent être créés à partir de .csv importé données, points temporels saisis manuellement, à partir d'enregistrements numérique (TTL) ou analogique signaux, ou à partir de mesures créées dans danse™ (vitesse, présence du score de mouvement dans la zone, distance du point, etc.).
Les événements de comportement sont des entrées obligatoires pour les tracés PeriEvent et Signal Statistics.
Voici des exemples de mesures numériques et continues converties en événements.
Créer des périodes de temps
Utilisez la fonction « Créer des périodes » pour examiner l’évolution de l’activité neuronale au fil du temps et/ou pour évaluer un sous-ensemble d'événements comportementaux se produisant à certains moments.
Périodes de temps manuelles:
Définir des fenêtres de longueurs variables où l'animal a rencontré ou expérimenté différents contextes (ligne de base vs manipulation, nouvelle cage, injection de drogue, etc.).
Période automatiques:
Divisez l'enregistrement entier en pair fenêtres temporelles (secondes, minutes, heures).
Opérations d'analyse
Les opérations d'analyse constituent le principal atout du logiciel danse™, offrant un moyen simple de combiner le comportement et les neurones regrouper les données. Plus précisément, ces opérations offrent différentes manières de quantifier comment l'activité neuronale change autour des moments clés du comportement.
Opération Perievent
Les histogrammes de péri-événement (également appelés histogrammes de temps péri-stimulus ou PSTH) visualisent changements dans l'activité neuronale en réponse à l'apparition (ou décalage) d'un stimulus ou d'un comportement d'intérêt (c'est-à-dire event). Ce tracé est calculé en alignant et en faisant la moyenne du ΔF/F0 centré autour de ce point. Il en résulte un histogramme qui montre réponse neuronale moyenne au fil du temps.
Les statistiques associées à la trace PeriEvents sont également calculées, notamment l'aire sous la courbe (AUC), le maximum, le minimum, etc.
Tracez un graphique thermique des événements péri-événementiels. Pour les événements péri-événementiels d'un animal, chaque ligne correspond à un événement (essai/combat), tandis que pour les événements péri-événementiels d'analyse de groupe, chaque ligne correspond à la trace moyenne d'un animal.
Fonctionnement des signaux spatiaux
L'opération de signal spatial combine données sur l'activité neuronale et le suivi des animaux en carte thermique.
Les axes x et y de la carte thermique correspondent à dimensions de la cage et la couleur est associée au signal ΔF/F0 moyen lorsque l'animal se trouvait à cet endroit.
Le fonctionnement du signal spatial est idéal pour des analyses telles que la préférence conditionnelle-spatiale, le labyrinthe en croix, l'objet nouveau, les interactions animales et les cellules de lieu de l'hippocampe, parmi beaucoup d'autres.
Opération de statistiques du signal
L'espace Statistique du signal Cette opération examine les variations de l'activité neuronale sur toute la durée d'un événement (et non seulement au début et à la fin de l'événement). Elle est idéale pour les comportements de durée variable (immobilisation, entrée dans une zone, interactions animales, etc.).
Calculez les statistiques suivantes :
- z-ΔF/F0 : ASC, moyenne, médiane, max, min
- Spikes : amplitude, fréquence de déclenchement, nombre de pics
Exporter les chiffres et les données
danse™ permet une exportation facile des données, soit sous forme de figures (.pdf, .png, .jpeg) soit sous forme de fichiers .csv.
Automatisez les analyses de photométrie par fibre optique SANS programmation !
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Analyse de groupe
Comportement d'importation
