Ce cube combine la détection de deux indicateurs calciques (GCaMP et fluorophores rouges) avec l'activation d'opsines rouges. Il intègre des miroirs dichroïques pour combiner les excitations des fluorophores, isoler les émissions de fluorescence et laisser passer la lumière de stimulation de l'opsine. Parallèlement, des filtres passe-bande étroits limitent les bandes spectrales d'excitation et de détection :

• 400-410 nm ou 410-420 nm pour l'excitation ponctuelle isobestique GCaMP
• 460-490 nm pour l'excitation GCaMP
• 500-540 nm pour la détection de fluorescence GCaMP
• 555-570 nm pour l'excitation du fluorophore rouge
• 580-600 nm pour la détection de fluorescence rouge
• 628-642 nm pour l'activation des opsines rouges

Par rapport aux Mini Cubes Fluorescence avec uniquement des connecteurs FC sur tous les ports, ceux avec photodétecteurs intégrés offrent un rapport signal/bruit 100 % meilleur (augmentation du signal de 30 % et réduction du bruit de 40 %). De plus, dans la dernière version des Mini Cubes, des LED et des pilotes de LED sont également intégrés pour réduire le nombre de connexions et l'empreinte globale du système. Dans sa version, il est également possible de remplacer le filtre d'excitation (pour ajuster l'excitation isobestique de 405 nm à 410 nm par exemple) et de diminuer la puissance d'excitation en ajoutant des filtres atténuateurs (pour la photométrie à faible puissance).